Il consumo di caffè non è associato al rischio di incidenza nella maggior parte dei tumori, inclusi quello della mammella, della prostata e del retto. Per altri tumori i dati sono scarsi, ma comunque rassicuranti, nel senso che nessun tumore sembra associato in modo forte e causale con il consumo di caffè.

Vi sono dei dubbi che possa esistere una qualche associazione diretta significativa tra consumo di caffè e tumore della vescica. La causalità di tale associazione non è però sicura, in quanto non è chiaro se vi sia un aumento del rischio con l'aumento del consumo di caffè. In ogni caso se vi è un aumento di rischio è comunque piccolo.

Per il tumore del fegato, tutti gli studi epidemiologici sono concordi nel suggerire un'associazione inversa, dose-dipendente e biologicamente plausibile con il rischio di tale tumore. Tuttavia, la causalità di tale associazione inversa va approfondita con altri studi. Per il tumore del colon, la maggior parte dei risultati epidemiologici suggerisce una diminuzione, da parte del caffè, del rischio biologicamente plausibile. Tuttavia l'inconsistenza tra i risultati degli studi di coorte e caso-controllo lascia aperto il quesito.

Una recente revisione della letteratura (maggio 2008), condotta su una coorte di 85.987 donne, non ha mostrato correlazioni fra il consumo di caffè (caffeinato e decaffeinato) e l'insorgenza di tumori mammari. Inoltre, una debole correlazione inversa è stata dimostrata fra il consumo di bevande contenenti caffeina ed il rischio di tumore della mammella, dopo la menopausa (effetto protettivo).